Torbjörn Aronsson, från nomineringsgruppen Kristdemokrater i Svenska kyrkan hade motionerat om att be kyrkostyrelsen utreda och utveckla stödet till församlingar som driver konfessionella friskolor, skriver Kyrkans tidning.
Samhälls- och kulturutskottet hade rekommenderat kyrkomötet att säga nej till motionen, som fick stöd av flera kyrkomötesledamöter i debatten.
Fredrik Sidenvall från Frimodig kyrka påpekade att lagen tillåter konfessionella skolor, och att föräldrar har rätt att välja utbildning för sina barn utifrån sin tro och sina önskemål vad gäller utbildning för barnen.
Liksom andra påpekade han att normen i den kommunala skolan är sekularism och ateism, och att barn som är troende riskerar att ses som avvikare.
– Av de föräldrar som definierar sig som kristna i Storbritannnien säger bara en tredjedel att de vill förmedla en kristen tro till sina barn. De övriga vill inte det för att barnen inte ska behöva bli utsatta, sade Fredrik Sidenvall enligt Kyrkans tidning.
Andra, inte minst Socialdemokraterna och Vänstern i Svenska kyrkan, argumenterade för att konfessionella skolor inte gynnar integrationen och sammanhållningen i samhället.
– Vi ska följa skollagen. Men jag gillar inte friskolor, inte konfessionella skolor heller. Vi ska lägga vårt engagemang i våra kyrkors och i församlingarnas barn och ungdomsarbete, inte på konfessionella friskolor, sade Wanja Lundby Wedin (S), enligt tidningen.
Aron Emilsson, från Sverigedemokraterna, lyfte fram att kyrkoledarna i Sveriges kristna råd, SKR, alltså även Svenska kyrkans ärkebiskop, i våras kritiserat Socialdemokraternas vallöfte att förbjuda konfessionella friskolor.
På tisdagen diskuterades församlingens grundläggande uppdrag. Störst engagemang väckte frågan om missionsbegreppet, uppger Kyrkans tidning.
Bakgrunden var en motion som föreslagit att ändra kyrkoordningens beskrivning av mission, från att vara något som församlingen utövar till något som församlingen är en del av.
David Castor från Frimodig kyrka var däremot kritisk till motionen, som avslogs av kyrkomötet.
– Mission är vår identitet, kyrkans viktigaste uppdrag. Kyrkan är mission i väldigt hög utsträckning, sade han enligt Kyrkans tidning.
– Flyttar vi upp det till det övergripande uppdraget har kyrkan inte ett specifikt evangelisationsuppdrag och det vore förödande.
Bara en motion fick ett rent bifall vid kyrkomötets första beslutspass på tisdagsförmiddagen, skriver Kyrkans tidning. Det var en motion från bland annat Marie Rydén Davoust i Partipolitiskt obundna i Svenska kyrkan om flygplatskyrkans framtid.
Kyrkomötet beslutade att uppdra till kyrkostyrelsen att genomlysa skilda organisatoriska och ekonomiska möjligheter i syfte att säkerställa Svenska kyrkans fortsatta verksamhet på Sveriges största flygplatser.