Domslutet är en seger för Harvest Rock och Harvest International Ministry, som har fler än 160 församlingar i delstaten, och South Bay United Pentecostal Church i Chula Vista. De hade stämt delstaten, och hävdat att förbudet mot samlingar inomhus stred mot religionsfriheten.
Fredagens tillkännagivande kom efter flera nederlag för samfunden i lägre domstolar, och är prejudicerande för alla religiösa samfund i Kalifornien.
Högsta domstolen var inte enig, och tre av nio domare ville behålla förbudet mot inomhussamlingar till vidare, med hänvisning till den höga risken för smitta.
Men majoriteten slog fast att ett heltäckande förbud mot religiösa samlingar inomhus strider mot grundlagen. Tre domare påpekade i en kommentar att människor i Kalifornien fortsatt har kunnat samlas i affärer, hos hårfrisörer och på bussar.
De tre hade även önskat att sång tilllåtits i beränsad omfattning vid religiösa samlingar, till exempel av en böneledare, och jämförde med att sång tillåts inom nöjeindustrin i Holllywood.
”Goda nyheter”, twittrade Che Ahn, huvudpastor i Harvest Rock, efter domstolens besked.
Enligt nyhetsbyrån AP uppger han att hans församling kommer att strunta i förbudet mot sång.
– Hälften av våra lovprisningar utgörs av sång. Vi kommer att sjunga oavsett vad, sade han på söndagens gudstjänst, enligt AP.
Che Ahn sade att hans jurister kommer fortsätta att kämpa för rätten att sjunga inomhus – trots att sång anses föra med sig ökad risk för virussmitta.
Redan dagen efter domen utfärdade delstatsguvernören nya riktlinjer. I områden med liten smittspridning tillåts religiösa samlingar inomhus om man inte utnyttjar mer än hälften av lokalens maxkapacitet, och i områden som bedömts ha hög smittspridning får lokalerna utnyttjas till max 25 procent.
Alla samfund välkomnade inte beslutet med öppna armar. Episkopala Grace Cathedral i San Francisco menade att Högsta domstolen ”inte gjort någon en tjänst”, skriver AP.
– Vi försöker följa vetenskapen och vara tålmodiga, sade prosten Malcolm Clemens Young till San Francisco Chronicle.
Det katolska ärkestiftet i Los Angeles, som har fler än 5 miljoner medlemmar, rådde ”troende som så önskar” att samlas till gudstjänst inomhus med strängt iakttagande av de nya regler som gäller, och att bära munskydd.