Besöket började vid forskningscentret för Förintelsens offer, Yad Vashem. Ann Linde fortsatte sedan med att träffa Israels utrikesminister Yair Lapid och president Isaac Herzog.
Linde twittrar att hon och Lapid diskuterade hur Sverige och Israel ska ”fördjupa samarbetet” i en rad frågor.
”Jag försäkrade att vårt engagemang för Israels säkerhet är starkt. Vi diskuterade också behovet av en framförhandlad tvåstatslösning för Israel–Palestina-konflikten”, skriver hon.
Ann Linde säger att regeringen, och hon sedan hon blev utrikesminister, har arbetat hårt för att få bättre relationer med Israel.
– Vår relation med Israel är viktig, vi vill ha goda relationer. Det här med att vi inte har varit välkomna har ju varit något som vi har jobbat hårt med för att förändra, säger hon.
Det är första gången på tio år som en svensk utrikesminister gör officiellt besök i Israel. För några veckor sedan talade Ann Linde med kollegan Yair Lapid i telefon, den första kontakten på den nivån på sju år. Nu möts de två.
– Att vi nu kan normalisera det och få en normal relation även på utrikesministernivå, det är ett nytt kapitel i vår utrikespolitiska dialog, säger Ann Linde.
Margot Wallströms borgerliga företrädare på utrikesministerposten, Carl Bildt (M), var inte heller särskilt populär i Israel.
Men förhållandet blev än frostigare när den då nya rödgröna regeringen hösten 2014 erkände Palestina som en egen stat. Det har inget annat EU-land förutom Cypern gjort under sin tid som medlem i EU.
Ett drygt år senare förklarade Israel att Margot Wallström inte var välkommen, med hänvisning till flera uttalanden som utrikesministern gjort. Bland annat hade hon anklagat Israel för utomrättsliga avrättningar.
Regeringens förhoppning var att fler länder skulle följa efter Sveriges erkännande. Så blev det inte.
Var det en missräkning?
– Ja, det var det, därför att när vi fattade beslutet om erkännande var det flera andra länder som hade diskussioner på hög nivå om att också erkänna, säger Ann Linde.
– Det väldigt skarpa svaret mot Sverige efter erkännandet, kan ju inte ha verkat i den riktning vi ville.
Men regeringen har inga planer på att backa från erkännandet och Ann Linde försvarar beslutet som togs.
– Jag tycker att det är rätt, jag stödjer det beslutet fullt ut. Det handlade ju också om att vi vill ha en tvåstatslösning, att vi ville stärka moderata krafter och göra parterna mindre ojämlika i fredsförhandlingarna. Det erkännandet ligger fast och det är en av de saker där vi inte har samma syn som Israel.
På frågan om varför islossningen sker nu anger Ann Linde målmedvetet arbete.
– Och vi har varit tydliga i vårt stöd för Israel när det gäller säkerhet, enligt folkrätten, och vi har i olika FN-sammanhang reagerat mot negativ särbehandling av Israel.
Enligt Jerusalem Post handlar det bland annat om att Sverige uttalat sig för att sammankalla associationsrådet för handelsrelationerna mellan EU och Israel, liksom stöttat Israels kandidatur i olika FN-organ.
Tidningen skriver att Ann Linde tog upp frågan om en omstart av relationen när hon träffade Yair Lapid i samband med EU:s utrikesråd i i juli. Den utsträckta handen passade väl in i Yair Lapids mål om att stärka Israels relationer till liberala demokratiska länder, enligt Jerusalem Post.
På tisdagen besöker Ann Linde Samarien och Judeen (Västbanken) och möter den palestinske presidenten Mahmoud Abbas, samt den den palestinske utrikesministern och premiärministern.