1983 skickade RFSL ett sexualpolitiskt uttalande till justitiedepartementet där man försvarade en positiv inställning till pedofili: ”Vem är förbrytaren? Pedofilen skänker ömhet och kärlek … Pedofilen är inte sjuk …” löd skrivelsen, som var undertecknad av ordförande Kjell Rindar, som invigningstalade på Pridefestivalen så sent som 2011.
1991 diskuterade RFSL:s förbundskongress en underavdelning för pedofiler. Motionen avslogs, men samma år avslöjades att Pedofila arbetsgruppen hade en postbox som gick till RFSL:s adress.
1993 visade en FN-rapport att RFSL:s reseguide Spartacus användes flitigt av pedofiler när de gjorde sina sexresor till Thailand. Guiden var, enligt FN, en vägledning för pedofiler som var på jakt efter barn utomlands.
I nummer 1 år 1993 av RFSL:s tidning Kom ut försvarade RFSL:s grundare Nils Hallbeck pedofilguiden Spartacus genom att hävda att sex med barn kan vara något fint.
Samme Hallbeck skrev i organisationens egen tidning Kom ut (nr 6, 1992) att två tredjedelar av de manliga homosexuella önskade sex med unga pojkar.
I slutet av 1990-talet berättade Pål Hollender, i filmen Pelle Polis och i en artikel i Göteborgs-Posten, att höga RFSL-företrädare förespråkade pedofili, men att man ligger lågt eftersom den allmänna opinionen inte klarar av det än:
”Jag tycker att det vore bra om man hade ett klimat som möjliggjorde att det fortfarande fanns en pedofil arbetsgrupp som förde fram de här argumenten helt öppet. … Jag tror inte att det går i dag. Jag tror att man måste vänta och låta tiden gå tills det lugnat sig”, sade Kjell Rindar till Pål Hollender, som beskrev hur en känd pedofil var styrelseledamot i RFSL:s lokalavdelning i Borås ända fram till 1998.
I maj 2002 avslöjade Världen idag att bland annat RFSL:s kontaktförmedling används för kommersiell sexhandel med barn. Artiklarna vann Guldspaden och nominerades till Stora journalistpriset.
I oktober 2003 blev det offentligt att RFSL:s ungdomsordförande förgripit sig på två unga pojkar i samband med rådgivning.
Stockholms fria tidning uppmärksammade i december 2006 att QX Qruisers hemsida, som står RFSL nära, användes för att sprida barnpornografi. Tidningen konstaterade att många av de pojkar som avbildades såg ut att vara långt under 18 år.
I februari 2015 fick RFSL:s ordförande i Halmstad ett fängelsestraff i fem år och sex månader för 27 fall av sexuellt utnyttjande av person i beroendeställning.