Pastor Yousef ställdes inför rätten tidigt på lördagen i Iran och friades då från anklagelserna om avfall från Islam, enligt den amerikanska nyhetssajten christianpost.com som hänvisar till två olika organisationer som har följt Yousefs fall nära och har egna källor inne landet.
Pastorn dömdes dock för till tre års fängelse för att ha evangeliserat till muslimer, men släpptes omedelbart då han redan suttit av den tiden.
"Tack till alla som har stöttat mig med era böner", sade Nadarkhani enligt Present Truth Ministries.
Christian Solidarity Worldwide bekräftade även de att pastorn frigivits.
"Vi berömmer den iranska domarkåren för det här steget som är en seger för rättvisa och rättsstyre", sa organisationens leadre Mervyn Thomas.
Yousef Nadarhkani arresterades den 13 oktober 2009 efter att ha protesterat mot regeringens beslut om att tvinga alla barn, då även hans egna kristna barn, att läsa koranen.
Till att börja med åtalades han för protesten men anklagelserna ändrades till avfall och evangelisation till muslimer. 2010 dömdes han till döden, en dom som irans högsta domstol fastslog i fjol.
Islams lag (sharia) menar att en avfälling har tre dagar på sig att avsäga sig sin nya tro. Pastor Yousef vägrade detta.