Förslaget antogs med röstsiffrorna 119 mot 114, medan sex delegater avstod från att rösta. Dessförinnan hade kyrkomötet ställt sig bakom Tillsyns- och uppdragsutskottets yrkande på att avslå den ursprungliga motionen.
Kritiker tror att det nya yrkandet kan komma att rubba 2009 års beslut om att låta präster med en klassisk äktenskapssyn ha fortsatt hemortsrätt i Svenska kyrkan.
– Farhågan är att man kommer att förskjuta positionerna mot att lägga allt större press på prästkandidaterna och inte minst biskoparna i denna fråga, säger Hans Weichbrodt, från nomineringsgruppen Frimodig kyrka.
Det var under sittande kyrkomöte som Jesper Eneroth, gruppledare för socialdemokraterna i Svenska kyrkan, på tisdagen drog tillbaka sin grupps stöd för den motion som utskott och en enig läronämnd avvisat: ett krav på att alla blivande präster i Svenska kyrkan förklarar sig beredda att viga samkönade par.
Motionen vållade en lång debatt under tisdagen, och många delegater såg den som ett brott mot beslutet från 2009 om att öppna för samkönade vigslar, samtidigt som enskilda präster gavs rätt att avstå från dessa genom så kallad väjningsrätt.
– Jag hoppas att vi i den här frågan ska mötas i den goda viljan och med målet att ingen ska utsättas för diskriminering, sa Jesper Eneroth, innan han la fram det yrkande som alltså antogs av kyrkomötet dagen efter:
"Att kyrkomötet med anledning av motionen uppdrar åt kyrkostyrelsen att utreda frågan om vilka åtgärder som behöver vidtas, i så väl kyrkorättslig mening som ur andra relevanta perspektiv, för att säkerställa att ingen utsätts för diskriminering i samband med den kyrkliga handlingen vigsel, och återkomma till kyrkomötet med förslag.”
Berit Simonsson, från Frimodig kyrka, menar att yrkandet borde ha avvisats av presidiet.
– Det dök upp från ingenstans en bra bit in i debatten; ingen ledamot hade sett yrkandet innan och det var inte berett i något utskott, skriver hon i en kommentar till Världen idag.
– Till saken hör också att kyrkomötets debattregler är sådana att var och en talare har enbart tre minuter vid ett enda tillfälle till sitt förfogande. Det betyder att när detta nya yrkande plötsligt dök upp, så hade många talare redan använt upp sin talartid och kunde inte bidra i debatten i detta nya scenario.
Även Hans Weichbrodt beklagar att yrkandet las fram och gick igenom, om än med knapp marginal.
– Det bästa man kan hoppas på nu är att man i slutänden ändå håller fast vid det löfte som gavs 2009, säger han, samtidigt som han tror att den psykologiska pressen på anställda och förtroendevalda att ha en enhetlig syn i frågan kommer att öka.
– Jag reser runt väldigt mycket i landet och kan konstatera att inte bara präster, utan också många andra, på ett flertal ställen befinner sig i pressade situationer på grund av denna fråga. Det finns dessutom exempel på platser där man redan nu får svårare att bli anställd om man har "fel" uppfattning i äktenskapsfrågan.
Jesper Eneroth säger att han ser sitt fristående yrkande som ett sätt att komma vidare i sakfrågan utan att tumma på 2009 års beslut.
– Det var mitt försök att trots två olika fromhetsinriktningar och teologiska utgångspunkter samlas kring en gemensam nämnare: den faktiska diskrimineringen, säger han.
– Och att, utan att beröra 2009 års beslut, ändå kunna föra ett samtal om hur det ser ut. Jag tror ju att även de med en annan syn vill ha ett läge där ingen känner sig diskriminerad.
Jesper Eneroth säger att han förstår att präster med en annan syn på äktenskapet än han har kan känna sig undanträngda.
– Jag vill ju ha en äktenskapssyn där kärleken råder. Men man måste se till kyrkans bästa och ha förståelse och respekt för att andra har andra åsikter. Då är det ärliga att utreda, samtala, diskutera.
Men Berit Simonsson noterar att yrkandet inte är formulerat så att kyrkostyrelsen ska se över huvudida det behövs åtgärder, utan ska se “vilka åtgärder som behöver vidtas..”
– Man förutsätter att resultatet av yrkandet blir åtgärder, och det blir samma åtgärder som om motionen hade bifallits, det vill säga att nya präster kommer att bli tvungna att bejaka att viga samkönade par för att bli prästvigda i Svenska kyrkan, skriver hon, och menar att frågan framför allt drivs av en "partipolitisk agenda".
– Jo, det goda som detta kan leda till är att ännu fler röstar på någon opolitisk nomineringsgrupp i kyrkovalet nästa år, så att vi snart blir av med partipolitiken i Svenska kyrkan.