Det rör sig om en åttaårig pojke som skadades svårt och avled på sjukhus. Läkare med olika specialiteter kämpade förgäves i flera timmar för att försöka rädda livet på pojken, uppger sjukhuset Shaare Zedek i ett uttalande på lördagen.
Pojkens sexårige bror dog redan i fredags till följd av attacken. Även en man i 20-årsåldern finns bland dödsoffren.
Fyra personer skadades, däribland pappan till de två bröderna samt ytterligare en son.
Bilföraren – en 31-årig man bosatt i ett palestinskt område av östra Jerusalem – sköts ihjäl av en tjänstledig polis, enligt den israeliska polisen. Bilen kom enligt polisen i hög hastighet när den kraschade in i busskuren där flera människor stod. På videoklipp från händelsen som privatpersoner filmat och publicerat syns hur bilen accelererar och tydligt svänger av mot personerna vid busskuren.
Israeliska medier rapporterar att gärningsmannen ska ha uttryckt stöd för terrorrörelser på sina sociala medier och bland annat kallat en palestinsk terrorist för ”hjälte”. Mannen ska också ha vårdats för psykisk ohälsa.
Mamman till de två döda pojkarna har i ett uttalande sagt att hon tror att hennes söner nu leker tillsammans i himlen.
– I livet och döden är de oskiljaktiga, sade hon enligt Times of Israel.
I ett videoklipp som bland annat lagts ut på statens Israels Twitterkonto ses en pojke, som uppges vara storebror till de två bröderna, gråta hysteriskt medan han uttrycker sin saknad över sina syskon. Videoklippet har fått stor spridning.
Pojkarnas pappa är ännu nedsövd och i kritiskt tillstånd efter attacken.
Efter dådet fattade lokala politiker i Jerusalem beslut om att förstärka skyddet kring stadens busskurer. På nationell nivå har flera ministrar gjort utspel om ytterligare åtgärder mot terroranknutna boende i östra Jerusalem.
Spänningen fortsätter att tillta i området och i en separat händelse på lördagen sköts en 27-årig palestinsk man ihjäl av en civil israel i en by söder om staden Nablus på Västbanken, uppger både palestinska och israeliska myndigheter.
Kravallutrustade soldater sattes in på platsen för att förhindra mer blodspillan, enligt ett uttalande från Israels militär.
Den 27 januari sköts sju människor till döds i en attack mot en synagoga i östra Jerusalem, den dödligaste attacken i Jerusalem på över ett decennium.