Flygplanet fick tillstånd att korsa saudiskt luftrum, vilket i vanliga fall är stängt för israelisk flygtrafik.
Bland passagerarna på flight LY971 – som enligt BBC fått sitt nummer av Arabemiratens landskod – fanns den amerikanske presidenten Donald Trumps svärson och rådgivare Jared Kushner, samt Israels nationella säkerhetsrådgivare Meir Ben-Shabbat.
Flygningen tillbaka till Israel kommer att betecknas LY972, efter Israels landskod.
Förenade Arabemiraten blev den 13 augusti det tredje arablandet, efter Egypten och Jordanien, som sluter fred med Israel sedan dess grundande 1948. Till skillnad från de andra två länderna har Arabemiraten aldrig legat i direkt krig med Israel, och länderna har haft goda informella kontakter under en längre tid.
Överenskommelsen, som förhandlats fram med hjälp av Jared Kushner, har redan medfört att det nu går att ringa direkt mellan länderna. I lördags skrotade dessutom Arabemiraten en lag om att bojkotta Israel, vilken varit i kraft sedan 1972.
I ett inlägg på Twitter betecknade Israels premiärminister Benjamin Netanyahu måndagens flygning som ett exempel på ”fred mot fred”, vilket anspelar på tanken att Israel bara skulle kunna uppnå fred med sina arabiska grannar i utbyte mot mark.
I överenskommelsen med Arabemiraten förbinder sig Israel att skjuta upp planerna på att kräva suveränitet över de judeiska och samariska områden – 30 procent av den så kallade Västbanken – som ska tillfalla Israel enligt Trumps fredsplan.
Benjamin Netanyahu hade dock redan före avtalet med Arabemiraten lagt planerna på en snabb annektering av områdena på is, då han inte haft regeringspartnern Benny Gantz med sig i frågan.
Det är oklart när och om andra arabstater följer Förenade arabemiratens exempel och upprättar diplomatiska relationer med Israel. Den amerikanska tankesmedjan Council on Foreign Relations spår att den stat som kunde stå närmast på tur är Bahrain, och håller det inte för omöjligt att Oman, Marocko och Sudan med tiden följer efter.