I höstas meddelade Brian Houston, som grundade den australiska församlingen Hillsong, att han lämnar församlingens styrelser.
Han hade då åtalats, misstänkt för att ha undanhållit uppgifter om fadern Frank Houstons sexualbrott.
– Dessa påståenden kom som en chock för mig, och det är min avsikt att försvara mig kraftfullt mot dem, sade Brian Houston i ett uttalande till kyrkan på söndagen.
– Därför har jag gått med på att lämna alla åtaganden i församlingen till slutet av året.
Åklagaren hävdar att Brian Houston, som snart fyller 68 år, redan 1999 ska ha vetat om att pappan begått ett sexuellt övergrepp mot en pojke 1970, utan att vända sig till polisen.
Frank Houston, som avled 2004, ledde pingströrelsen Assemblies of God i Nya Zeeland fram till 1971. Sonen ledde den australiska grenen mellan 1997 och 2009, och grundade Hillsong 1983.
Brian Houston såg till att fadern lämnade pastorsrollen 1999, då kyrkans ledning fått kännedom om övergreppen, men ska då av olika skäl ha valt att inte informera polisen.
Redan 2014 vittnade Brian Houston om vad han kände till om sin fars övergrepp inför den australiska regeringens kommission om sexuella övergrepp. Fyra år senare gick en man som tidigare varit anonym ut och berättade att han som barn utsatts för sexuella övergrepp av Frank Houston. Han ifrågasatte varför sonen inte polisanmälde övergreppen när han fått kännedom om dem.
Rättegången inleds den 3 mars.
Phil och Lucinda Dooley, som leder Hillsong i Sydafrika, går in som tillförordnade globala pastorer.