Det nya kansliet leds av Tamás Török, tidigare Ungerns andreambassadör i Italien, och underställs det regeringsdepartement som ansvarar för utbildning och de religiösa samfunden, skriver National Catholic Register.
Det departementet står under Zoltán Balog, som i augusti följde med premiärminister Viktor Orbán till ett möte i Rom, där de bland annat träffade påve Franciskus.
– I dag har kristenheten blivit den mest förföljda religionen. Fyra av fem som dödas av religiösa skäl är kristna, säger Zoltán Balog i en kommentar enligt nyhetsbyrån CNA.
Tanken är att kansliet ska följa, analysera och skaffa information om situationen för förföljda kristna, liksom arrangera observationsresor till olika oroshärdar.
De närmaste veckorna kommer den ungerska regeringen att utarbeta exakt vilka uppgifter som kommer att ligga på det nya kansliet. Men dess främsta fokus blir humanitärt, enligt Eduard von Habsburg, Ungerns ambassadör vid Vatikanstaten.
Han säger till National Catholic Register att tanken att inrätta ett kansli för dessa frågor "är en följd av flera år då den ungerska regeringen hjälpt kristna i Mellanöstern i tysthet".
Han förklarar att regeringen bland annat hjälpt enskilda förföljda kristna och flyktingar som tillhör andra religiösa minoriteter med visum, och även stöttat bygget av en kristen skola i staden Erbil i norra Irak.
Den ungerska regeringens mål vad gäller flyktingarna, säger han, är att "följa filosofin att det bästa sättet att ge dem en chans är att hjälpa dem att stanna i sina hemländer och få hjälp på plats".