Från torsdagen går det dessutom att i befintliga pass notera att man har en ickebinär könstillhörighet.
Landets invandringsminister Ahmed Hussen säger i ett uttalande att förändringen görs för att alla kanadensare ska kunna uttrycka den könstillhörighet som passar dem bäst.
"Genom att införa könstillhörigheten 'x' i de dokument som utfärdas av regeringen, tar vi ett viktigt steg mot jämlikhet för alla kanadensare, oavsett könsidentitet eller könsuttryck", sa han tidigare i veckan.
Minst åtta andra länder erbjuder ett alternativ till "man" och "kvinna" i pass eller nationella identitetshandlingar, skriver New York Times. Det handlar om Tyskland, Australien, Bangladesh, Indien, Malta, Nepal, Nya Zeeland och Pakistan.
I bland annat Australien kan personer själva välja att byta till ett tredje juridiskt kön även senare i livet, vilket alltså inte endast gäller intersexuella, skriver tidningen Metro.
I Tyskland kan föräldrar till ett barn som fötts intersexuellt, alltså med könsdelar som räknas som både manliga och kvinnliga, välja att inte juridiskt bestämma barnets kön, vilket anges även i passet med ett alternativ till "man" och "kvinna".