Det började redan i samband med valet till ny ärkebiskop 2013. Då ville Jackelén inte svara entydigt ja på frågan om Jesus ger en sannare bild av Gud än islams Muhammed. Kritikstormen som följde har sedan återkommit i vågor under åren då hon lett Svenska kyrkan.

Ett exempel är 2016 då några präster, däribland Annika Borg, startade gruppen ”Mitt kors” på Facebook som en respons på den eskalerande förföljelsen av kristna från militanta islamister. Tanken var att manifestera sin kristna tro och visa stöd för utsatta trossyskon. Men när kyrkliga toppar gick ut och misstänkliggjorde syftet med kampanjen drogs även ärkebiskopen in i kritik mot satsningen. Hon gick dock senare ut och stödde kampanjen.

Samma år lades det fram förslag på hur en ny kyrkohandbok, Svenska kyrkans teologiska grunddokument, skulle se ut. Och även nu blev kritiken massiv mot vad som ansågs vara en teologisk förskjutning där till exempel ”synd” skulle beskrivas som ”brustenhet”. Även ur ett musikaliskt perspektiv sågades förslagen från flera håll.

När Antje Jackelén valdes var det hennes kommunikativa förmåga som ofta lyftes fram. Hon har också varit aktiv och synlig i både reguljära och sociala medier. Hon har haft ett konto på Twitter där hon stundtals responderat på både glada tillrop och skarp kritik.

Samtidigt har hon ofta beklagat samtalsklimatet och berättat att hon blivit utsatt för hat. 2021 tog hon därför en paus från plattformen.

Jackelén har under hela sin tid som ärkebiskop betonat frågor om religionsfrihet, inte minst barns rätt till andlig hälsa, och hon har vid flera tillfällen tagit strid mot förslag om att förbjuda konfessionella friskolor.

I den mångåriga diskussionen om vigselplikt, alltså huruvida alla präster i Svenska kyrkan ska vara tvungna att viga även samkönade par, har Jackelén tillsammans med övriga biskopar varit tydliga med att ett sådant krav inte är vare sig önskvärt eller möjligt.

I vissa teologiska frågor har Jackelén beskrivits som kontroversiell, exempelvis när Svenska kyrkan 2019 för första gången officiellt deklarerade att man bejakar ”transteologi”. Hon deltog då vid kyrkans första ”transhearing” och höll ett anförande där hon sade att kyrkan nu ”markerar” var man står. Det ledde till ifrågasättande om att kyrkan därmed övergivit tron på att Gud skapade människan ”till man och kvinna”.

Julen 2019 fick hon också kritik för en text som tolkades som ett ifrågasättande av jungfrufödseln, något hon själv sedan menade var en missuppfattning av budskapet.

Svenska kyrkan har återkommande de senaste decennierna anklagats för att vara alltför ensidigt Israelkritiska och under Jackeléns ledning har kyrkan, enligt vissa, fortsatt och delvis intensifierat detta. En annan välkänd invändning mot samfundet är att man har en tydlig politisk vänsterlutning. Inte heller denna bild kan Jackelén sägas fullt ut ha lyckats att förändra.